Отказ с 2006 г. от необходимости уплаты НДС поставщику, как одного из обязательных условий для получения права на вычет входных сумм данного налога, потребовал от законодателя выработки специальных правил для плавного перехода от старого порядка к новому.

Данные правила содержатся в ст. 2 Закона N 119-ФЗ. Причем правила переходного периода для тех налогоплательщиков, которые и до 2006 г. исчисляли НДС «по отгрузке», отличаются от правил для тех налогоплательщиков, которые ранее использовали метод «по оплате».

Те налогоплательщики, которые до 2006 г. исчисляли НДС «по оплате», должны были по состоянию на 1 января 2006 г. провести инвентаризацию кредиторской задолженности и выделить из нее суммы, образовавшиеся вследствие неоплаты товаров (работ, услуг), имущественных прав, принятых к учету до 1 января 2006 г. Сделать это надо по той задолженности за товары (работы, услуги), имущественные права, в составе которой есть суммы НДС.

В течение 2006-2007 гг. по суммам НДС, относящимся к такой задолженности, сохранится старый порядок принятия их к вычету, только после их уплаты в составе цены соответствующих товаров (работ, услуг) поставщикам.

Если по истечении этих двух лет какие-либо суммы НДС останутся еще не принятыми к вычету по причине отсутствия их оплаты, то их все равно можно будет предъявить к вычету в первом налоговом периоде 2008 г. (первом квартале).

Для тех налогоплательщиков, которые и до 2006 г. исчисляли НДС «по отгрузке», были установлены иные, более простые переходные правила. Все неоплаченные суммы НДС по принятым к учету товарам (работам, услугам), имущественным правам они должны были предъявить к вычету в течение первого полугодия 2006 г. Суммы такого вычета распределялись равными долями в течение этого полугодия, то есть налогоплательщики с налоговым периодом месяц должны были принимать к вычету ежемесячно по 1/6 общей суммы НДС, не списанного по состоянию на 1 января 2006 г., а с налоговым периодом квартал — половину в первый квартал и половину во второй.